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Contact : Jerôme chave – Jerômechave@univ-tlse3.fr
Introduction
L’atténuation de l’érosion de la biodiversité est un défi mondial et il est de plus en plus reconnu que la santé de la nature conditionne largement l’avenir de nos sociétés. Le rôle central de la biodiversité pour la santé et le bien-être de l’homme est désormais mieux pris en compte. En Amérique tropicale, réservoir majeur de biodiversité terrestre, ce défi est encore plus pressant, même si dans cette région nos connaissances sur la biodiversité sont les plus limitées. Le Groupe d’experts international sur la biodiversité et les services écosystémiques (en anglais) : Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services, IPBES) a récemment produit des évaluations régionales, dont une pour les Amériques, et il est ressorti clairement de cette évaluation que les lacunes dans les connaissances constituent un obstacle majeur à la mise en œuvre de politiques efficaces de conservation de la biodiversité, en particulier pour les pays sud-américains.
Avec pas moins de 25 163 espèces de plantes et 6 222 espèces de vertébrés, la Colombie est l’un des principaux spots de biodiversité à l’échelle mondiale, le pays le plus riche en espèces de la planète, juste derrière le Brésil. Ce pays géographiquement unique présente de nombreuses zones longtemps inaccessibles et encore préservées du fait des tensions intérieures qu’a connues le pays ces dernières décennies. Ainsi la Colombie offre une opportunité fantastique pour l’étude de la biodiversité et la mise en œuvre d’outils innovants pour le suivi de la biodiversité.
Afin de renforcer les collaborations sur l’étude de la biodiversité entre la France et la Colombie, un International research project (IRP) du CNRS, appelé CEBACOL a été créé, en association avec le laboratoire Évolution, Diversité Biologique (EDB – CNRS/ Univ Toulouse III Paul Sabatier/IRD) et l’Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Humboldt (IAvH) à Bogota.
EDB s’est fortement impliquée dans la recherche sur la biodiversité néotropicale, notamment depuis 2011 à travers le laboratoire d’excellence CEBA (Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne), qui opère en Guyane française, mais cherche à toucher d’autres pays néotropicaux. L’IAvH est une société civile à but non lucratif, créée par la loi 99 de 1993 et liée au Ministère de l’environnement et du développement durable de la Colombie. La mission de l’IAvH est de promouvoir, coordonner et mener des recherches fondamentales et appliquées sur la biodiversité continentale et les services écosystémiques qui contribuent à la connaissance, à la conservation et à l’utilisation durable de ces ressources.
La principale motivation de l’IRP CEBACOL est que toute tentative rigoureuse de mise en œuvre de nouvelles méthodes de surveillance de la biodiversité sous les tropiques ne doit pas être basée sur une seule étude de cas mais sur des études comparatives, avec des situations contrastées. L’objectif central est de développer et d’appliquer des approches transformatrices pour l’exploration et la surveillance de la biodiversité dans les régions néotropicales, où la biodiversité est élevée et où les connaissances de base préalables sont limitées (et souvent insuffisantes).
Actuellement, l’IRP regroupe 10 chercheurs et doctorants côté français et 9 du côté de la Colombie.
Lancement de l’IRP CEBACOL
Missions et thèmes de recherche
Sur le plan scientifique, trois domaines de recherche sont impulsés par l’IRP CEBACOL.
Premièrement, les deux unités porteuses du projet ont mené des recherches innovantes sur la génomique environnementale, et en particulier sur le métabarcoding, en Guyane française (EDB) et en Colombie (IAVH). La génomique environnementale utilise l’ADN qui peut être extrait de tout échantillon environnemental. Grâce à des techniques similaires à la criminalistique de l’ADN, il est désormais possible d’éviter les contaminations, d’amplifier les fragments d’ADN cibles, de les séquencer en utilisant la technologie de séquençage (Illumina) et d’attribuer ces séquences d’ADN à des bibliothèques de référence, ce qui permet de produire des listes d’occurrences de taxons.
Cette méthode a été développée en premier lieu pour explorer la biodiversité du monde microbien, qui constitue une grande partie de la biodiversité de notre planète (et du PCN qui lui est associé). Elle a été étendue à l’exploration des macro-organismes (animaux, plantes), grâce à l’utilisation d’un ensemble différent d’amorces d’ADN : cette méthode a été appelée génériquement «métabarcodage».
Il existe de nombreuses possibilités de synergies sur ce thème de recherche, notamment l’amélioration de la méthodologie, l’élargissement des stratégies d’échantillonnage et la réalisation de synthèses comparatives. EDB et IAvH collaborent également sur ces thématiques à travers le projet GlobNets financé par l’ANR.
Deuxièmement, cet IRP souhaite développer la recherche biogéographique en Amérique du Sud. La Colombie et la Guyane française couvrent des habitats forestiers importants mais distincts, qui abritent de nombreuses espèces d’amphibiens, d’oiseaux, de poissons et de plantes. Par conséquent, il existe de nombreuses possibilités de mener des projets de biogéographie comparative entre EDB et IAvH. L’acquisition de grandes références fiables basées sur l’ADN dans les grands groupes taxonomiques permettra d’aborder des questions fondamentales sur les origines et l’histoire de la biodiversité dans les Néotropiques.
Troisièmement, dans la mesure où l’IAvH mène des recherches à l’interface science-politique en Amérique du Sud, l’IRP mettra en lumière comment la diversité fonctionnelle et phylogénétique peut contribuer à améliorer les connaissances dans le domaine de la science de la conservation. Or, ces connaissances sont nécessaires pour la gestion des territoires : identification des zones de conservation prioritaires, restauration des écosystèmes, gestion des invasions biologiques et adaptation au changement climatique. Dans ce domaine, l’expérience de l’IAvH a déjà montré les intéractions possibles entre des programmes de recherche scientifique et les décideurs politiques et les parties prenantes. Les équipes constitutives de l’IRP CEBACOL s’appuient sur ces connaissances pour mieux partager les ressources, améliorer les bases de données et faciliter l’interface entre les politiques scientifiques.
L’amazonie colombienne
Concrètement, l’IRP CEBACOL contribue au programme de recherche en :
– facilitant l’échange d’informations concernant les défis techniques mais aussi les nouveaux défis sociétaux ;
– facilitant l’accès aux sites sur le terrain, tant en Guyane française qu’en Colombie, afin de comparer les nouvelles méthodes ;
– formant des étudiants et du personnel technique par des échanges de courte durée ou des stages de longue durée ;
– aidant les communautés de recherche respectives à acquérir et à entretenir des collaborations à long terme entre la Colombie et la France.
L’IAvH et l’UMR EDB disposent d’une excellente expertise dans le domaine de la science de la biodiversité, en ce sens l’IRP CEBACOL permet d’accroître l’échange de connaissances entre les scientifiques de ces deux équipes de recherche.
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Criado em 2019, o International research project-IRP CEBACOL contribui para o fortalecimento das colaborações entre a França e a Colômbia no campo do estudo da biodiversidade. Inaugurado oficialmente na ocasião da Conferência Franco-Colombiana sobre Ensino Superior, Pesquisa e Inovação, organizada em Medellín de 12 a 14 de junho de 2019, o IRP CEBACOL visa facilitar o intercâmbio de informações relativas aos desafios técnicos e societais emergentes, e o acesso ao campo na Guiana Francesa e na Colômbia para pesquisadores e estudantes.
Contato : JERÔME CHAVE –JERÔMECHAVE@UNIV-TLSE3.FR
Introdução
Mitigar a erosão da biodiversidade é um desafio global e é cada vez mais reconhecido que a saúde da natureza condiciona em grande parte o futuro de nossas sociedades. O papel central da biodiversidade para a saúde e o bem-estar do ser humano é agora melhor levado em consideração. Esse aspecto é ainda mais preeminente na América tropical, importante reservatório de biodiversidade terrestre, mesmo se na região nosso conhecimento sobre o assunto seja limitado. A Plataforma Intergovernamental sobre Biodiversidade e Serviços Ecossistêmicos (Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services, IPBES), produziu recentemente avaliações regionais, incluindo uma para as Américas, e ficou claro a partir dessa avaliação de que as lacunas de conhecimento são um grande obstáculo para a implementação de políticas de conservação da biodiversidade eficientes, em particular para os países sul-americanos.
Com nada menos que 25.163 espécies de plantas e 6.222 espécies de vertebrados, a Colômbia é um dos principais pontos de biodiversidade do mundo, o secundo país mais rico em espécies do planeta, depois do Brasil. Este país geograficamente único possui muitas áreas que estiveram inacessíveis por muito tempo e estão ainda preservadas devido às tensões internas que o país conheceu nas últimas décadas. Portanto, a Colômbia oferece uma oportunidade fantástica para o estudo da biodiversidade e a implementação de dispositivos inovadores para monitorá-la.
Para fortalecer as colaborações entre França e Colômbia no estudo da biodiversidade, foi criado um International research project (IRP) do CNRS, denominado CEBACOL, em associação com o laboratório Évolution, Diversité Biologique (EDB – CNRS/Univ Toulouse III Paul Sabatier/IRD) e o Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander Humboldt (IAvH) em Bogota. A EDB está fortemente envolvida na pesquisa sobre a biodiversidade neotropical, em participar desde 2011 por meio do laboratório de excelência CEBA (Centro de Estudo da Biodiversidade Amazônica), que atua na Guiana Francesa, mas busca chegar a outros países neotropicais. A IAvH é uma sociedade civil sem fins lucrativos, criada pela Lei 99 de 1993 e vinculada ao Ministério do Meio Ambiente e Desenvolvimento Sustentável da Colômbia. A missão do IAvH é promover, coordenar e conduzir pesquisas fundamentais e aplicadas sobre a biodiversidade continental e os serviços ecossistêmicos que contribuam para o conhecimento, conservação e uso sustentável desses recursos.
A principal motivação do IRP CEBACOL é que nenhuma tentativa rigorosa de implementação de novos métodos de monitoramento da biodiversidade nos trópicos não deve ser baseada em um único estudo de caso, mas em estudos comparativos, com situações contrastantes. O objetivo central é desenvolver e aplicar abordagens transformativas para a exploração e o monitoramento da biodiversidade em regiões neotropicais, onde a biodiversidade é alta e onde o conhecimento básico prévio é limitado (e muitas vezes insuficiente).
Atualmente, o IRP reúne 10 pesquisadores e estudantes de doutorado do lado francês e 9 do lado colombiano.
Missões e temas de pesquisa
No nível científico, três áreas de pesquisa são promovidas pela IRP CEBACOL.
Em primeiro lugar, as duas unidades que lidam o projeto realizaram pesquisas inovadoras em genômica ambiental, e em particular sobre metabarcoding, na Guiana Francesa (EDB) e na Colômbia (IAvH). A genômica ambiental usa DNA que pode ser extraído de qualquer amostra ambiental. Usando técnicas semelhantes à análise forense de DNA, agora é possível evitar contaminações, amplificar fragmentos de DNA alvo, sequenciá-los usando a tecnologia de sequenciamento (Illumina) e atribuir essas sequências de DNA a bibliotecas de referência, o que possibilita a produção de listas de ocorrências de táxons.
Este método foi desenvolvido primeiro para explorar a biodiversidade do mundo microbiano, que constitui uma grande parte da biodiversidade do nosso planeta (e do PCN a ela associado). Foi estendido à exploração de macrorganismos (animais, plantas), através da utilização de um conjunto diferente de primers de DNA: este método foi genericamente denominado “código de barras de DNA”.
Existem muitas oportunidades para sinergias neste tema de pesquisa, incluindo o aperfeiçoamento da metodologia, a expansão das estratégias de amostragem e a produção de sínteses comparativas.
EDB e IAvH também estão colaborando nesses temas por meio do projeto GlobNets financiado pela ANR.
Em segundo lugar, este IRP deseja desenvolver a pesquisa biogeográfica na América do Sul. A Colômbia e a Guiana Francesa abrangem habitats florestais importantes, mas distintos, que abrigam muitas espécies de anfíbios, pássaros, peixes e plantas. Portanto, há muitas possibilidades de realizar projetos de biogeografia comparativa entre o EDB e o IAvH. A aquisição de grandes referências confiáveis baseadas em DNA nos grandes grupos taxonômicos permitirá abordar questões fundamentais sobre as origens e a história da biodiversidade nos Neotrópicos.
Em terceiro lugar, uma vez que o IAvH conduz pesquisas na interface da ciência e da política na América do Sul, o IRP destacará como a diversidade funcional e filogenética pode contribuir para melhorar o conhecimento no campo da ciência da conservação. No entanto, esse conhecimento é necessário para a gestão dos territórios: identificação de áreas de conservação prioritárias, restauração de ecossistemas, gestão de invasões biológicas e adaptação às mudanças climáticas. Nesta área, a experiência da IAvH já demonstrou as possíveis interações entre programas de investigação científica e responsáveis políticos e atores envolvidos.
As equipes constituintes do IRP CEBACOL utilizam esse conhecimento para melhor compartilhar recursos, aprimorar bancos de dados e facilitar a interface entre as políticas científicas.
A amazônia colombiana.
De forma concreta, o IRP CEBACOL contribui para o programa de pesquisa:
- facilitando o intercâmbio de informações relativas aos desafios técnicos, mas também aos novos desafios societais;
- facilitando o acesso a sítios no campo, tanto na Guiana Francesa como na Colômbia, para comparar os novos métodos;
- formando os estudantes e o pessoal técnico por meio de intercâmbios de curta duração ou de ou estágios de longa duração;
- ajudando as respectivas comunidades de pesquisa a adquirir e manter colaborações de longo prazo entre a Colômbia e a França.
O IAvH e o UMR EDB possuem uma excelente perícia no campo da ciência da biodiversidade, nesse sentido o IRP CEBACOL ajuda a aumentar a troca de conhecimento entre os cientistas dessas duas equipes de pesquisa.
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Lanzado en 2019, el proyecto de investigación internacional IRP CEBACOL se propone reforzar las colaboraciones en el ámbito de los estudios de la biodiversidad entre Francia y Colombia. Inaugurado oficialmente en ocasión de la Conferencia Franco-Colombiana de Enseñanza Superior, Investigación e Innovación, organizada en Medellín entre el 12 y el 14 de junio de 2019, el IRP CEBACOL tiene por objeto facilitar el intercambio de información sobre los nuevos desafíos técnicos y sociales, con el fin de facilitar el trabajo de campo a los investigadores y estudiantes que desarrollan sus actividades en la Guayana Francesa y en Colombia.
Contact – Jerôme Chave : Jerômechave@univ-tlse3.fr
Introducción
Aunar esfuerzos para evitar la pérdida de biodiversidad es un desafío mundial, y cada vez se hace más evidente que la preservación de la naturaleza determina en gran medida el futuro de nuestras sociedades. En efecto, la biodiversidad cumple un rol fundamental e innegable en la salud y el bienestar humanos. Para la América tropical, una reserva de biodiversidad importantísima, este desafío es aún más apremiante, sumado a que nuestro conocimiento sobre la biodiversidad de esta región es todavía escaso. El Grupo Internacional de Expertos en Biodiversidad y Servicios Ecosistémicos (en inglés: Intergovernmental Science-Policy Platform on Biodiversity and Ecosystem Services, IPBES) realizó recientemente algunos estudios regionales, incluyendo uno sobre América, y pudo constatar que la diversidad biológica de la región ha disminuido en los últimos años.
De este estudio se desprende claramente que la falta de conocimiento sobre el tema es un obstáculo importante ante la necesidad de aplicar políticas eficaces para la conservación de la diversidad biológica, en particular en los países de América del Sur.
Con más de 25.163 especies de plantas y 6.222 especies de vertebrados, Colombia es uno de los principales centros de biodiversidad del mundo, el segundo país más rico en especies del planeta, después de Brasil. Muchas zonas de este país geográficamente único son todavía inaccesibles y han podido conservarse debido a las tensiones políticas y sociales que datan de décadas atrás. En este sentido, Colombia es un lugar particularmente relevante para el estudio de la biodiversidad y el uso de instrumentos innovadores para su monitoreo.
Con el fin de reforzar las colaboraciones para el estudio de la biodiversidad entre Francia y Colombia, se ha creado un Proyecto de Investigación Internacional (IRP) del CNRS, llamado CEBACOL, en asociación con el laboratorio Évolution, Diversité Biologique (EDB-CNRS/ Univ. Toulouse III Paul Sabatier/IRD) y el Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH) en Bogotá.
El EDB ha participado intensamente en la investigación sobre biodiversidad neotropical, en particular desde 2011 a través del laboratorio de excelencia CEBA (Centre d’Étude de la Biodiversité Amazonienne), que funciona en la Guayana Francesa, pero que trata también de abarcar a otros países neotropicales. El IAvH es una organización sin fines de lucro creada por la Ley 99 de 1993 y vinculada al Ministerio de Medio Ambiente y desarrollo sostenible de Colombia. La misión del IAvH es promover, coordinar y realizar investigación básica y aplicada sobre la biodiversidad continental y los servicios ecosistémicos para contribuir al estudio, la conservación y el uso sustentable de esos recursos.
El IRP CEBACOL tiene como meta que cualquier intento riguroso de aplicar nuevos métodos de monitoreo de la biodiversidad en los trópicos no se base en un solo estudio de caso, sino que considere estudios comparativos, realizados en contextos diversos. Así, su principal objetivo es el de elaborar y aplicar enfoques transformadores para la exploración y observación de la diversidad biológica en el neotrópico, donde la diversidad biológica es alta y los conocimientos básicos al respecto son limitados (y a menudo insuficientes).
Actualmente, el IRP reúne a 10 investigadores y estudiantes de doctorado del lado francés y a 9 del lado colombiano.
Lanzamiento del IRP CEBACOL.
Misiones y temas de investigación
En el plano científico, el IRP CEBACOL promueve tres áreas de investigación. En primer lugar, las dos unidades del proyecto han llevado a cabo investigaciones innovadoras sobre genómica ambiental, y en particular sobre metabarcodificación, en la Guayana Francesa (EDB) y en Colombia (IAvH). La genómica ambiental utiliza ADN que puede ser extraído de cualquier muestra ambiental. A través de técnicas similares a las del análisis del ADN, ahora es posible evitar la contaminación, amplificar los fragmentos de ADN objetivo, secuenciarlos mediante la tecnología de secuenciación (Illumina) y asignar estas secuencias de ADN a bibliotecas de referencia, produciendo así listas de ocurrencias de taxones.
Este método se desarrolló, en primer lugar, para explorar la biodiversidad del mundo microbiano, que constituye una gran parte de la biodiversidad de nuestro planeta (y del PCN asociado a ella). Se ha extendido luego al estudio de macroorganismos (animales, plantas), utilizando un conjunto diferente de cebadores de ADN: genéricamente, este método ha sido denominado “metabarcodificación”.
Hay muchas opciones para abordar este tema de investigación de forma conjunta, incluyendo la mejora de la metodología, la ampliación de las estrategias de muestreo y la realización de síntesis comparativas. El EDB y el IAvH colaboran también en estos temas a través del proyecto Glob Nets financiado por la ANR.
En segundo lugar, este IRP busca desarrollar la investigación biogeográfica en América del Sur. Colombia y la Guayana Francesa cubren hábitats forestales importantes pero distintos, que son el hogar de muchas especies de anfibios, aves, peces y plantas. Por lo tanto, hay mucho margen para emprender proyectos biogeográficos comparativos entre el EDB y la IAvH. La obtención de referencias fiables basadas en el ADN de los principales grupos taxonómicos permitirá abordar cuestiones fundamentales concernientes a los orígenes y la historia de la biodiversidad en el Neotrópico.
En tercer lugar, dado que el IAvH realiza investigaciones que cruzan la ciencia y la política en América del Sur, el IRP pondrá de relieve la forma en que la diversidad funcional y filogenética pueden contribuir a la mejora de los conocimientos en el ámbito de la ciencia de la conservación. Este saber es necesario para mejorar la gestión territorial, como, por ejemplo, en lo concerniente a la identificación de áreas prioritarias de conservación, la restauración de ecosistemas, la gestión de invasiones biológicas y la adaptación al cambio climático. En este campo, la trayectoria del IAvH ya ha demostrado cabalmente las interacciones posibles entre los programas de investigación científica, los responsables políticos y los implicados. Los equipos del IRP CEBACOL han capitalizado estas experiencias para compartir eficazmente los recursos disponibles, mejorar las bases de datos y facilitar la interfaz de las políticas científicas.
La región Amazónica de Colombia.
En concreto, el IRP CEBACOL contribuye al programa de investigación de la siguiente manera:
-facilitando el intercambio de información sobre los desafíos que plantea el avance de la técnica, así como también sobre aquellos que conciernen a la sociedad;
-facilitando el acceso al terreno, tanto en la Guayana Francesa como en Colombia, a fin de poder comparar nuevos métodos;
-capacitar a los estudiantes y al personal técnico mediante intercambios de corta duración o pasantías de larga duración;
-ayudando a las respectivas comunidades de investigación a adquirir y mantener colaboraciones a largo plazo entre Colombia y Francia.
El IAvH y la UMR EDB comparten una larga trayectoria en el campo de la ciencia de la biodiversidad y, en este sentido, el IRP CEBACOL permite un mayor intercambio de conocimientos entre los científicos de estos dos equipos de investigación.
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